Presiden Soeharto mengundurkan diri pada tanggal 21 Mei 1998, didahului dengan demo mahasiswa tanggal 18 Mei 1998 sampai dengan 22 Mei 1998 di Gedung DPR, walau pun dari tahun 1997 mahasisiwa sudah menuntut. Para mahasiswa selain menuntut presiden Soeharto mundur tapi juga menuntut orde pengganti orde baru yaitu orde reformasi untuk memperbaiki kondisi bangsa yang kebetulan terlanda krisis ekonomi dunia.

Para tokoh yang sebelumnya belum berani mengeluarkan sikap, mulai berani muncul setelah adanya tuntutan mahasisiwa tahun 1997 dan gejolak politik tahun 1998. Salah satu partai yang terlahir pada era ini adalah Partai Amanat Nasional. Partai Amanat Nasional (PAN) identik dengan seorang tokoh yang bernama Amien Rais. Padahal lahirnya berawal dari tuntutan sebagian masyarakat kepada Muhamadiyah untuk berkiprah dalam kancah politik, dengan melihat eksisensi organisasi yang sangat maju. Terutama adanya Majelis Amanat Rakyat (MARA), yang dibentuk tanggal 14 Mei 1998. Organisasi ini digagas oleh beberapa tokoh nasional yang sudah dikenal, yang diharapkan bisa memperbaiki kondisi negara Indonesia. Ini juga ditambah oleh ketokohan Amien Rais yang dianggap sebagai salahsatu tokoh pelopor reformasi.

Dalam organisasi MARA berisikan tokoh-tokoh yang cukup mumpuni seperti Hatta Rajasa, ekonom Faisal Basri, Goenawan Muhammad, Prof. Emil Salim, ekonom Rizal Ramli ( yang kemudian menjadi menteri ekonomi Gus Dur), Alvin Lie Ling Piao, Jend. Purn. Rudini, Nurcholish Madjid, pengacara Adnan Buyung Nasution dan termasuk Amien Rais dan masih banyak tokoh lain lagi sekitar 50 orang.

MARA bersama dengan beberapa organisasi seperti PPSK Yogyakarta dan para tokoh Muhammadiyah serta kelompok Tebet menggagas ide pembentukan Partai Amanat Nasional. Ini lahir karena dorongan dari Amien Rais dan para tokoh pendukungnya dan juga dari organisasi Muhammadiyah untuk memperbaiki kondisi bangsa yang kacau setelah pergantian kekuasaan. Awalnya Amien Rais menamakan partainya dengan nama Partai Amanat Bangsa, tapi kemudian berubah nama menjadi Partai Amanat Nasional setelah adanya pertemuan di Bogor tanggal 5-6 Agustus 1998. Partai Amanat Nasional berasaskan Pancasila dan partai terbuka walau pun sebelumnya sempat disebut partai Muhammadiyah karena sosok Amien Rais yang sebelumnya tokoh Muhammadiyah.